Sutiyoso (1997-2007)
Pada 1999, Bekasi memprotes pengelolalan sampah yang dilakukan Pemerintah Provinsi DKI Jakarta di TPA Bantargebang. Terutama mengenai dampaknya terhadap lingkungan yang ditimbulkan oleh pembuangan tersebut. Konflik ini berujung pada penutupan TPA Bantargebang yang dilakukan Pemerintah Kota Bekasi pada 10 Desember 2001. Penutupan ini mengakibatkan ratusan ribu meter kubik sampah tak terangkut dari Jakarta.
Penutupan itu dilakukan lantaran tuntutan Bekasi agar Jakarta memperbaiki manajemen persampahan, tak ditanggapi Jakarta. Bekasi juga menuntut untuk mengambil alih 50 persen lahan TPA Bantargebang. Dewan Perwakilan Rakyat Daerah Kota Bekasi sampai membentuk Tim Evaluasi TPA Bantargebang untuk mengevaluasi TPA tersebut.
Gubernur DKI Jakarta Sutiyoso mengancam akan menggugat Pemkot Bekasi jika TPA Bantargebang ditutup. Ia menyebut Pemprov DKI sudah berbuat banyak sebagai kompensasi keberadaan TPA tersebut. Antara lain, membangun jaringan jalan senilai Rp 40 miliar, puskesmas, ambulans, hingga insentif Rp 2,5 miliar.
Simak juga: Sutiyoso: Pemblokiran Bantar Gebang Ulah Provokator
Ketua Umum Partai Keadilan dan Persatuan Indonesia (PKPI) Sutiyoso. ANTARA/Andika Wahyu
Menyusul ancaman Sutiyoso, ratusan warga Desa Sumur Batu, Bantargebang, melakukan pembakaran sebuah truk sampah DKI Jakarta. Pada hari pertama penutupan TPA Bantargebang berlangsung panas dan berbuntut kerusuhan antara warga yang mendukung penutupan TPA dengan para pemulung yang menolak penutupan. Sebanyak 14 kendaraan Dinas Kebersihan DKI Jakarta diamuk massa di Bantargebang, dua di antaranya dibakar. Kantor TPA juga dibakar.
Namun, konflik sampah pada 2001 itu akhirnya bisa selesai setelah pemerintah pusat turun tangan. Dengan difasilitasi Kementerian Dalam Negeri (dulu masih departemen), Pemerintah Provinsi DKI dan Pemkot Bekasi kembali berunding. Sutiyoso juga mengadakan pertemuan dengan Pemkot dan DPRD Bekasi. TPA Bantargebang pun dibuka kembali pada 15 Desember 2001. Penutupan selama lima hari itu menimbulkan dampak yang luar biasa bagi Ibu Kota.
Fauzi Bowo (2007-2012)
Pada 14 Februari 2012, Pemerintah Kota Bekasi meminta Pemerintah Provinsi DKI Jakarta membayar kewajiban kompensasi di Bantargebang yang saat itu ditutup sementara.