Namun, M Taufik juga dikenal dengan sederet kontroversi. M Taufik terjerat kasus korupsi saat menjabat Ketua KPU DKI Jakarta dan divonis 18 bulan penjara pada 27 April 2004. Ia dinilai merugikan negara Rp 488 juta dalam kasus korupsi pengadaan barang dan alat peraga Pemilu 2004.
Pada 2018, Ia juga pernah menggugat Komisi Pemilihan Umum (KPU) DKI Jakarta ke Dewan Kehormatan Penyelenggara Pemilihan Umum (DKPP). Ia mengatakan KPU DKI tidak menjalankan putusan Badan Pengawas Pemilu (Bawaslu) terkait dengan majunya mantan narapidana kasus korupsi sebagai calon legislatif dalam pemilihan legislatif atau Pileg 2019.
Taufik juga pernah mengeluh uang perjalanan dinas DPRD DKI yang menurutnya tidak cukup. Menurut Taufik, seharusnya uang perjalanan dinas yang diterima Dewan sekitar Rp 2 juta hingga Rp 2,5 juta per hari.
Menurut dia, selama perjalanan dinas, uang makannya bisa lebih dari Rp 50.000. Atas dasar itu, Taufik menilai uang Rp 470.000 per hari tidak dapat menutupi kebutuhan anggota Dewan selama perjalanan dinas.
"Makan Rp 50.000, makan siapa? Makan elu itu mah," ujar Taufik sambil menunjuk ke arah wartawan, pada Desember 2015.
M Taufik juga dikenal sebagai orang yang keras dan vokal terhadap mantan Gubernur DKI Basuki Tjahja Purnama atau Ahok. Beberapa kali keduanya terlibat dalam perang kata, salah satunya ketika Taufik meragukan survei elektabilitas Ahok pada 2015 yang mengatakan dia bisa maju dalam pemilihan Gubernur DKI Jakarta 2017.
Sementara Ahok yang saat itu menjadi Pelaksana Tugas Gubernur DKI Jakarta menyatakan akan memilih mundur dari jabatannya bila Muhammad Taufik menjadi gubernur. "Hebat Taufik ini, dia sedang mencari celah hukum supaya Ahok tetap menjadi wakil gubernur. Jadi nanti gubernur saya adalah Taufik," kata Ahok di Balai Kota pada 24 Oktober 2014.
Membalas komentar Ahok, M Taufik pun menantang Ahok untuk mundur.
