Sebelumnya Saefullah menjalani perawatan di Rumah Sakit MMC, Jakarta Selatan sejak 8 September 2020 hingga akhirnya dirujuk ke RSPAD Gatot Subroto pada Minggu dinihari, 13 September 2020.
Kepala Dinas Kesehatan DKI Jakarta Widyastuti mengonfirmasi Sekretaris Daerah DKI Jakarta Saefullah meninggal dunia akibat kerusakan jaringan paru-paru, efek dari paparan Covid-19.
Widyastuti menjelaskan bahwa Saefullah meninggal karena shock sepsis irreversible dengan ARDS bagi pasien terkonfirmasi Covid-19.
"Siang ini, Bapak Sekda kita, Bapak Saefullah, telah berpulang. Bapak Saefullah meninggal karena shock sepsis irreversible dengan ARDS, yaitu kerusakan pada jaringan paru akibat infeksi Covid-19, sehingga menyebabkan gagal napas yang tidak dapat diperbaiki," kata Widyastuti dalam keterangannya di Jakarta, Rabu.
Hal ini, lanjut Widyastuti, dikarenakan tidak bisa terjadi pertukaran oksigen yang memadai di dalam tubuh almarhum.
Almarhum Saefullah, diputuskan untuk tidak dimakamkan di pemakaman khusus Covid-19 di Pondok Ranggon atau Tegal Alur. Namun dikebumikan di makam keluarga di Rorotan Jakarta Utara.
Sebelum dikebumikan di peristirahatan terakhirnya, Saefullah terlebih dahulu diberikan penghormatan terakhir dalam upacara pelepasan jenazah almarhum di Pendopo Balai Kota Jakarta, Rabu, sekitar pukul 15.00 WIB.
Saefullah telah menjabat sebagai Sekda DKI sejak 17 Juli 2014. Sebelumnya, Saefullah menjabat sebagai Wali Kota Jakarta Pusat pada tahun 2008-2014.